Итак, произошло страшное и ваши файлы исчезли с флешки или стали ярлыками, это значит что вы все таки подцепили вирус. Если все папки на флешке стали ярлыками то первым делом просканируйте флешку антивирусом.

Теперь вернем папки от которых  остались ярлыки, но не переживайте папки все также на флешке, просто  они  стали скрытые.

Главное помните: когда это случилось не паникуйте, и не делайте поспешных выводов. И не совершайте ошибки отформатировав флешку !!!
Вирус ни куда не удаляет ваши папки, они как лежали на флешке так и лежат.
Просто они становятся скрытыми, т.е. им назначаются атрибуты(скрытый, архивный). Суть всех действий в том чтобы эти атрибуты снять.

Способ которым можно быстро вылечить флешку: Total Commander

Total Commander В данном менеджере надо включить отображение скрытых файлов и папок. Запускаем лезем в меню КОНФИГУРАЦИЯ-->СОДЕРЖИМОЕ ПАНЕЛЕЙ-->Показывать скрытые системные файлы(только для опытных)

Затем, переходим на флешку, видим каталоги с восклицательным знаком. Выделяем их и снимаем атрибуты. Для этого лезем в меню ФАЙЛ-->СМЕНИТЬ АТРИБУТЫ. В появившемся меню снимаем атрибуты.

Обычно вся зараза лежит в корзине(папка RECYCLER) на флешке.  Файлы имеют название примерно такого типа: 6df06d8d.exe. Пробуем удалить корзину. Затем  удаляем ярлыки и флешка снова здорова.

Также все описанное выше  можно сделать так:

1. Скопировать в блокнот следующий скрипт.

dir /AS /B > list.txt
FOR /F "eol=# tokens=1* delims=:" %%i in (list.txt) do (
attrib -s -h -r "%%i"
)
pause

2. Поменять расширение с .txt на .bat

3. Скопировать файл в корень флешки, и запустить его

Файл изменит атрибуты на видимые у всех файлов, создаст в корне флешки файл lists.txt с отчётом о проделанной работе.